El Museo del Cuale se encuentra en el mercado artesanal de Puerto Vallarta, en la llamada Isla de Cuale. Fue inaugurado en diciembre de 1978. En 2004 se dio mantenimiento al inmueble y a la museografía, y al año siguiente reabrió sus puertas con una colección del Occidente de México, prestada por las musas regionales de Guadalajara, Colima y Michoacán. En 2015, el huracán '"Patricia", que azotó el occidente de México, inundó la pequeña isla del mismo nombre dentro de la la se encuentra el museo, aunque la estructura arquitectónica del Cuale no sufrió daños, como medida preventiva la colección arqueológica fue embalada y trasladada al Museo Regional de Guadalajara (MRG). El martes 19 de junio de 2018, el museo del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) reabrió sus puertas para ponerlo nuevamente a disposición del público local y del turismo nacional y extranjero que visita Puerto Vallarta.