El territorio que actualmente ocupa el Municipio de Bahía de Banderas estuvo habitado durante la época precolonial por pueblos o tribus pertenecientes a la monarquía o Hueytlahtonazgo de Xalisco, la cual se extendía hacia el sur, fuera de los límites de lo que hoy es el estado de Nayarit y fue fundada entre 559 y 618. Se sabe que el Municipio de Bahía de Banderas fue también lugar de tránsito en la gran migración que llevó al pueblo azteca a establecerse en el Valle de México. Los hallazgos y testimonios arqueológicos ubicados en Sayulita, Higuera Blanca, Punta de Mita, Valle de Banderas y San Juan de Abajo nos hablan de este tránsito, donde existieron colonias de origen nahuatlaca.

Fue en el año 1525 que Francisco Cortés de Buenaventura, pariente del conquistador, llegó a estas costas, a la altura de un pueblo llamado Tintoc. Los indígenas lo recibieron ataviados con sus coloridas vestimentas y lujosos plumarios, de ahí el nombre de la región.Posteriormente, en 1530 Nuño Beltrán de Guzmán, practicó una colonización violenta y destructiva que provocó un grave despoblamiento y ruina de la región, al punto que el obispo de Guadalajara dijo en 1605: “El Valle que dicen de Banderas, fue antiguamente el tierra más poblada de esta Nueva Galicia y que ahora no tiene más que pequeños pueblos de poca importancia.

Gran parte de la segunda mitad del siglo XIX, la zona que desde la época de la conquista se llamó Valle de Banderas, se conservó con una densidad poblacional muy baja. Algunas de las localidades que hacia 1893 toman cierta importancia por su número de habitantes son: Valle de Banderas, con 250; San José del Valle, con 70; San Juan de Abajo, con 50; El Colomo, con 45; Mezcales, con 40; y Las Peñas, Jalisco (hoy Puerto Vallarta), con 60. El cultivo de maíz, la pesca y la caza eran las actividades que se practicaban y estaban destinadas al autoconsumo. En 1904 se crea la Subprefectura de Valle de Banderas y a partir de 1917 se constituye el Estado Libre y Soberano de Nayarit, integrándose el Municipio de Compostela. El actual territorio de Bahía de Banderas estuvo prácticamente ajeno a los enfrentamientos armados que culminaron con el triunfo del constitucionalismo y las luchas posrevolucionarias. En 1937, durante el período cardenista, los campesinos de la región fueron dotados con un total de 26.648 hectáreas, conformando 9 de los 13 ejidos que existen hoy. Sólo al de Valle de Banderas se le asignaron 10 mil 234 hectáreas y al menos mil 433 de ellas estaban ubicadas al otro lado del río Ameca, en territorio de Jalisco. De 1954 a 1958 se construyó la unidad de riesgo Valle de Banderas, dominando inicialmente 2.500 hectáreas, y luego alcanzó una superficie cercana a las 10.000 hectáreas, lo que incrementó la producción agrícola. De 1955 a 1964 se despegó la actividad turística en pequeños hoteles ubicados en el pueblo de Puerto Vallarta. En 1958 se inició la construcción de la carretera Compostela-Puerto Vallarta, que se completó diez años después, permitiendo la apertura comercial del Valle de Banderas. De 1965 a 1974 se generó una gran proyección internacional de Puerto Vallarta y atracción de un creciente número de turistas y la porción nayarit de la Bahía de Banderas, de gran atractivo natural, se benefició indirectamente. 22 Con el fin de promover un desarrollo turístico que beneficiara a las comunidades agrarias de esta zona costera de Nayarit, el Gobierno Federal decretó en noviembre de 1970 la creación del Fideicomiso Bahía de Banderas, cuyo patrimonio se constituyó dos meses después con 5,162 hectáreas expropiadas a los ejidos de Bucerías, Jarretaderas, Cruz de Huanacaxtle, Higuera Blanca y Sayulita, entre otros. Los fiduciarios formaron un sindicato ejidal en 1972. La promoción por parte del Fideicomiso marcó el inicio de un proceso de expansión de inversiones e infraestructura turística, que incluyó el desarrollo del fraccionamiento Nuevo Vallarta, que, junto con la zona costera circundante, es el destino de grandes capitales y visitantes nacionales y extranjeros. Entre 1975 y 1984 se produjo un rápido crecimiento en la oferta de alojamiento en grandes y modernas instalaciones hoteleras y unidades de tiempo completo y tiempo compartido; construcción de nuevas instalaciones como el puerto deportivo y el campo de golf. Ampliación de la zona hotelera tanto al norte como al sur. A partir de 1985, el crecimiento acelerado de la demanda, como resultado de la construcción de grandes hoteles y unidades de tiempo compartido, ha impulsado la expansión turística urbana con alta densificación en Puerto Vallarta. Nuevos productos turísticos en el Municipio de Bahía de Banderas que mantienen el modelo de alta densidad y que comienzan a modificar las tendencias de crecimiento de la zona (Nuevo Vallarta y Flamingos). En 1988 a pedido de grupos representativos, quienes eran considerados marginados por las autoridades municipales.