Le territoire actuellement occupé par la municipalité de Bahia de Banderas était habité à l'époque précoloniale par des peuples ou tribus appartenant à la monarchie ou Hueytlahtonazgo de Xalisco, qui s'étendait vers le sud, en dehors des limites de ce qui est actuellement l'État de Nayarit et a été fondée entre 559 et 618. On sait que la municipalité de Bahía de Banderas était également un lieu de transit dans la grande migration qui a conduit le peuple aztèque à s'installer dans la vallée de Mexico. Les découvertes et témoignages archéologiques situés à Sayulita, Higuera Blanca, Punta de Mita, Valle de Banderas et San Juan de Abajo nous renseignent sur ce transit, où existaient des colonies d'origine nahuatlaca.

C'est en 1525 que Francisco Cortés de Buenaventura, un parent du conquérant, arriva sur ces côtes, à la hauteur d'une ville appelée Tintoc. Les indigènes l'ont accueilli vêtu de leurs vêtements colorés et de leurs luxueuses plumaria, qui ont conduit au nom de la région.Par la suite, en 1530, Nuño Beltrán de Guzmán pratiqua une colonisation violente et destructrice qui provoqua un grave dépeuplement et une ruine de la région, au point que l'évêque de Guadalajara déclara en 1605 : « La vallée qu'on dit de Banderas, était autrefois la terre plus peuplée dans cette Nouvelle Galice et maintenant elle n'a plus que de petits villages de peu d'importance.

Pendant une grande partie de la seconde moitié du XIXe siècle, la zone qui, depuis la conquête, s'appelait la Vallée de Banderas, a été préservée avec une très faible densité de population. Certaines des localités qui, en 1893, acquièrent une certaine importance en raison de leur nombre d'habitants sont : Valle de Banderas, avec 250 ; San José del Valle, avec 70 ; San Juan de Abajo, avec 50 ; El Colomo, avec 45 ; Mezcales, avec 40 ; et Las Peñas, Jalisco (aujourd'hui Puerto Vallarta), avec 60. La culture du maïs, la pêche et la chasse étaient les activités pratiquées et destinées à l'autoconsommation. En 1904, la sous-préfecture de la Vallée de Banderas est créée et à partir de 1917, l'État libre et souverain de Nayarit est constitué, il intègre la municipalité de Compostelle. Le territoire actuel de Bahía de Banderas était pratiquement inconscient des affrontements armés qui ont abouti au triomphe du constitutionnalisme et des luttes post-révolutionnaires. En 1937, pendant la période cardeniste, les paysans de la région disposaient d'un total de 26 648 hectares, formant 9 des 13 ejidos qui existent aujourd'hui. Seul celui de la Valle de Banderas s'est vu attribuer 10 234 hectares et au moins 1 433 d'entre eux étaient situés de l'autre côté de la rivière Ameca, sur le territoire de Jalisco. De 1954 à 1958, l'unité de risque de la Vallée de Banderas a été construite, dominant initialement 2 500 hectares, et a ensuite atteint une superficie proche de 10 000 hectares, ce qui a augmenté la production agricole. De 1955 à 1964, l'activité touristique décolle dans les petits hôtels situés dans la ville de Puerto Vallarta. En 1958, la construction de l'autoroute Compostela-Puerto Vallarta a commencé et s'est achevée dix ans plus tard, permettant l'ouverture commerciale de la vallée de Banderas. De 1965 à 1974, une grande projection internationale de Puerto Vallarta et l'attraction d'un nombre croissant de touristes ont été générées et la partie Nayarit de la baie de Banderas, d'une grande attraction naturelle, en a bénéficié indirectement. 22 Afin de promouvoir un développement touristique qui bénéficierait aux communautés agraires de cette zone côtière de Nayarit, le gouvernement fédéral a décrété en novembre 1970 la création du Trust Bahía de Banderas, dont le patrimoine a été constitué deux mois plus tard avec 5 162 hectares expropriés du ejidos de Bucerías, Jarretaderas, Cruz de Huanacaxtle, Higuera Blanca et Sayulita, entre autres. Les administrateurs ont formé un syndicat d'ejido en 1972. La promotion par le Trust a marqué le début d'un processus d'expansion des investissements et des infrastructures touristiques, qui comprenait le développement de la subdivision Nuevo Vallarta qui, avec la zone côtière environnante, est la destination des grandes capitales et des visiteurs nationaux et étrangers. Entre 1975 et 1984, l'offre d'hébergement dans de grandes installations hôtelières modernes et dans des unités à temps plein et à temps partagé a connu une croissance rapide ; construction de nouvelles installations telles que la marina et le terrain de golf. Expansion de la zone hôtelière au nord et au sud. À partir de 1985, la croissance accélérée de la demande, résultant de la construction de grands hôtels et d'unités de multipropriété, a stimulé l'expansion du tourisme urbain avec une forte densification à Puerto Vallarta. Nouveaux produits touristiques dans la municipalité de Bahía de Banderas qui maintiennent le modèle de haute densité et qui commencent à modifier les tendances de croissance de la zone (Nuevo Vallarta et Flamingos). En 1988, à la demande de groupes représentatifs, considérés comme marginalisés par les autorités municipales.